In der zweiten Bundesliga müssen zwei Vereine in die Relegation. In der Relegation geht es darum, ob der Verein in der 2. Bundesliga bleibt oder Aufsteigt bzw. Absteigt. Der Drittplazierte muss gegen den Drittletzten der 1. Bundesliga in einem Hin- und Rückspiel antreten und der 16. der 2. Liga muss gegen den 3. der dritten Liga antreten.
Es zählt jeweils der Tabellenstand nach dem letzten Spieltag.

	Datum	Begegnung	Ergebnis
Hinspiel um den Abstieg	29.05.2009 20.30Uhr	SC Paderborn 07 - VfL Osnabrück	1 : 0
Hinspiel um den Aufstieg	28.05.2009 18.00Uhr	FC Energie Cottbus - 1. FC Nürnberg	0 : 3
Rückspiel um den Abstieg	01.06.2009 15.30Uhr	VfL Osnabrück- SC Paderborn 07	0 : 1
Rückspiel um den Aufstieg	31.05.2009 15.30Uhr	1. FC Nürnberg - FC Energie Cottbus	2 : 0