Die Tabelle der 3. Fußball Liga für die Saison 2008/09.

Platz	Verein	Spiele	S	U	N	Tore	Tordifferenz	Punkte
1.	1. FC Union Berlin	38	22	12	4	59:23	+36	78
2.	Fortuna Düsseldorf	38	20	9	9	54:33	+21	69
3.	SC Paderborn 07	38	20	8	10	68:38	+30	68
4.	SpVgg Unterhaching	38	20	7	11	57:46	+11	67
5.	FC Bayern München II	38	14	17	7	54:38	+16	59
6.	Kickers Emden	38	16	11	11	45:44	+1	59
7.	Kickers Offenbach	38	12	16	10	40:35	+5	52
8.	SV 1916 Sandhausen	38	12	14	12	58:52	+6	50
9.	Dynamo Dresden	38	13	11	14	46:46	0	50
10.	Rot-Weiß Erfurt	38	13	11	14	46:48	-2	50
11.	VfB Stuttgart II	38	13	10	15	61:50	+11	49
12.	Erzgebirge Aue	38	12	12	14	43:43	0	48
13.	Eintracht Braunschweig	38	12	9	17	46:51	-5	45
14.	Wuppertaler SV	38	11	12	15	36:45	-9	45
15.	Jahn Regensburg	38	11	12	15	37:51	-14	45
16.	Carl Zeiss Jena	38	10	11	17	41:59	-18	41
17.	SV Werder Bremen II	38	10	10	18	49:58	-9	40
18.	Wacker Burghausen	38	10	10	18	40:65	-25	40
19.	VfR Aalen	38	8	15	15	38:60	-22	39
20.	Stuttgarter Kickers	38	7	11	20	38:71	-33	29

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